apache-PHP-ファイルの所有権/許可の問題-アップロードされたファイルにアクセスできない/アップロード後に見つからない

このSimple-Ajax-Uploaderプラグインを使用してファイルをアップロードしてから、このPHPライブラリを使用してファイルの処理を処理し、生成などを行いました。ランダムなファイル名、ファイルを保存するためのディレクトリのサイズ変更と指定など。

コードは次のとおりです：

 <?php
require('../classes/class.upload.php');
require('../classes/User.php');

//Process a file uploaded via XMLHttpRequest
$handle = new upload($_FILES['uploadfile']['tmp_name']);
if ($handle->uploaded) {
    $handle->file_new_name_body = User::generateRandomString();
    $handle->image_resize = true;
    $handle->image_x = 360;
    $handle->image_ratio_y = true;
    $handle->process('temp-uploads');
    if ($handle->processed) {
        echo json_encode(array('success' => true, 'newfilename' => $handle->file_dst_name));
        $handle->clean();
    } else {
        exit(json_encode(array('success' => false, 'msg' => $handle->error))); 
    }
}
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ファイルは正常にアップロードされますが、どういうわけかどのWebページからもアクセスできなくなります。また、ブラウザで「site-name.com/directory-name/filename.jpg」にアクセスしようとするとアクセスできなくなります。 404Notfoundと表示されます。

ファイルのアクセス許可の問題かもしれないと思いましたが、アップロードされたファイルにディレクトリを含むすべてのアクセス許可を与えた後でも、404NotFoundです。現在、ajaxによってアップロードされたファイルはcPanelファイルマネージャーに表示されますが、URLではアクセスできません。

最後に、好奇心から、cPanelを介して別のファイルをサーバーに直接アップロードしました。そのファイルにはアクセスできましたが、他のファイルには404NotFoundでアクセスできないままです。また、アクセスできないファイルの1つをtest.jpgに名前変更しましたが、アクセスできないままです。 ここで同様の問題を検索しようとしましたが、見つかりません。

ここで何が問題になっていますか？

編集：

 [Sat May 26 09:28:05.584102 2018] [core:error] [pid 9320:tid 140646036481792] [client 209.126.90.118:59372] Caught race condition abuser. attacker: 1128, victim: 99 open file owner: 99, open file: /home/royalsee/public_html/php/MichenoCoop/dashboard/temp-uploads/32_3.JPG, referer: http://michenocoop.com/dashboard/temp-uploads/
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